Un ERP genérico contabiliza bien casi cualquier negocio, y una clínica es la excepción incómoda. No por tamaño ni por complejidad, sino por la fiscalidad: buena parte de lo que factura está exento de IVA, otra parte no lo está, y muchas facturas mezclan las dos cosas en el mismo documento. A partir de ahí, cada automatismo del sistema genérico exige un retoque manual.
¿Qué tiene de particular la contabilidad de una clínica?
Tres rarezas que se acumulan. La primera, la exención sanitaria del IVA, que no cubre todo lo que hace un centro: un tratamiento asistencial y un producto de venta al público tributan distinto. La segunda, las facturas mixtas, que obligan a aplicar el tratamiento fiscal línea a línea y no al total. Y la tercera, el IGIC en Canarias, que es un impuesto distinto y no una variante del IVA con otro tipo.
La exención sanitaria, con el artículo delante
Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido (BOE-A-1992-28740). Su artículo 20.Uno.3.º declara exenta «la asistencia a personas físicas por profesionales médicos o sanitarios, cualquiera que sea la persona destinataria de dichos servicios», y precisa que tienen esa condición los considerados como tales en el ordenamiento jurídico y los psicólogos, logopedas y ópticos diplomados en centros oficiales o reconocidos por la Administración. El artículo 20.Uno.5.º recoge los servicios de estomatólogos, odontólogos, mecánicos dentistas y protésicos dentales. Comprobado en boe.es el 31 de julio de 2026 sobre el texto consolidado, descargándolo entero porque el visor trunca los artículos largos.
Qué debería hacer solo un software de contabilidad clínica
Detrás de contabilidad clínica software casi siempre hay una queja concreta: que el asiento no se construye solo. En Sanagest, emitir una factura o registrar un cobro deriva el asiento contable correspondiente de forma idempotente, así que la contabilidad se levanta desde la operativa en lugar de teclearse aparte. El plan contable ya viene adaptado a clínica —cuentas de ingreso, gasto y deudores— y los libros diario, mayor y balance de sumas y saldos están disponibles sin montar nada.
«Contabilidad (PGC)» es un módulo aparte
Lo que se describe en este apartado pertenece al módulo Contabilidad (PGC) de Sanagest, que cuesta 29 € al mes sobre el precio del plan (IVA aparte). Va incluido en Enterprise; en el resto de planes se añade aparte. Lo decimos aquí y no en la letra pequeña porque el resto del artículo sirve igual con cualquier programa, y no queremos que nadie deduzca que esto viene de serie.
- Asientos cuadrados y correlativosEl debe iguala al haber por construcción y la numeración no admite huecos por ejercicio y sede; una vez registrados, los asientos son inmutables.
- Enganche factura, asiento y cobroLa derivación es idempotente: repetir la operación no duplica el apunte ni descuadra el ejercicio.
- Exportación en el formato de tu asesorCuatro formatos de gestoría —A3, Sage, Contasol y su variante dental—, con hash de contenido, cuadre verificado y constancia de cuándo se descargó.
- Gasto categorizado con confirmación humanaEl sistema sugiere la cuenta de cada factura recibida por histórico y similitud, pero el asiento lo confirma siempre una persona.
¿Y si mi gestoría prefiere seguir con su programa?
Es el caso más común y no obliga a elegir bando. Lo que evita el trabajo doble no es que la clínica y la asesoría usen el mismo programa, sino que el fichero salga en el formato que el asesor ya utiliza y llegue cuadrado. La exportación con hash de contenido añade algo que se agradece cuando aparece una diferencia: se puede demostrar qué se entregó exactamente y en qué momento, en lugar de discutir sobre versiones de un archivo.
Conviene recordar también que los libros no se guardan solo hasta la próxima declaración. El Código de Comercio obliga a conservar libros, correspondencia, documentación y justificantes durante seis años desde el último asiento, un plazo que sobrevive con holgura a cualquier cambio de proveedor de software. Por eso la capacidad de exportar en un formato legible importa tanto como la de contabilizar.
Ver la contabilidad y los modelos en el mismo sitio
El área de contabilidad y ERP detalla la doble partida, la inmutabilidad de los asientos y la exportación para gestoría. La de modelos AEAT muestra cómo se calculan el 303, el 130 y los demás desde las facturas reales.
Cuándo compensa dejar el ERP genérico
Hay una señal barata de medir: cuántas horas al mes dedica alguien a corregir a mano lo que el sistema contabilizó mal por no entender la exención. Si son dos, probablemente no compensa mover nada. Si son quince, el coste del programa genérico ya no es su licencia. La segunda señal es el número de veces que la gestoría pide un dato que la clínica tiene delante pero no puede exportar en un formato que ella lea.
Preguntas frecuentes sobre contabilidad en clínicas
¿Toda la facturación de una clínica está exenta de IVA?
No. La exención del artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992 alcanza a la asistencia a personas físicas por profesionales médicos o sanitarios, y el apartado 5.º a los servicios de odontólogos y protésicos dentales, pero no cubre todo lo que factura un centro. Por eso el motor fiscal debe aplicar el tratamiento línea a línea y admitir facturas mixtas sin trucos manuales.
¿Puedo llevar la contabilidad sin volcar datos a otro programa?
Sí, si el sistema deriva el asiento desde la propia operación. En Sanagest, emitir una factura o registrar un cobro genera el asiento correspondiente de forma idempotente, de modo que la contabilidad se construye a partir de lo que la clínica ya hace. El volcado manual entre dos programas es justo donde aparecen los descuadres.
¿Qué pasa si mi asesoría usa A3 o Sage?
Se le entrega el fichero en su formato. Sanagest exporta en cuatro formatos de gestoría —A3, Sage, Contasol y la variante dental de Sage— con hash de contenido y cuadre verificado, y deja registrado cuándo se descargó. No hace falta que la asesoría cambie de herramienta para dejar de teclear dos veces lo mismo.
¿Cuánto tiempo hay que guardar los libros contables?
El artículo 30.1 del Código de Comercio obliga a conservar los libros, la correspondencia, la documentación y los justificantes del negocio durante seis años a partir del último asiento realizado. Es un plazo más largo que la vida media de muchos contratos de software, así que conviene comprobar cómo se exporta todo antes de firmar, no después.
Donde más se nota el ERP genérico es en la declaración
El 303, el 130, el 111 y el 347 de una clínica exenta no salen solos de un plan contable estándar. Qué es cada modelo y de qué dato debe alimentarse está explicado aparte. Y si buscas los indicadores de rentabilidad, ese análisis también.